根据您提供的信息，毕业三年档案仍存放在学校的情况可能涉及以下几种可能性，需结合实际情况具体分析：

一、档案存放的常规流程

1. 学校保管期限

   学校通常只保留学生档案两年，超过两年后会根据相关规定转出。但部分学校可能因管理政策不同延长至半年或更久。

2. 档案转出方式

   • 转入单位 ：若毕业两年内找到工作，档案会随工作单位转移。

   • 返回户籍地 ：两年后档案可能被发回原户籍地人才市场或人事管理中心。

   • 挂靠人才市场 ：未就业者可选择挂靠当地人才市场，但需注意档案保管费用及服务协议。

二、档案未及时转出的原因

1. 档案丢失或损坏

   若档案在转出前丢失或损坏，需联系学校补办。

2. 未办理调档手续

   部分毕业生因就业变动未及时办理调档，导致档案滞留。

3. 学校政策差异

   不同学校对档案保管期限和转出流程存在差异，需主动联系原学校确认。

三、解决方案建议

1. 联系原学校查询

   通过学籍号或学号联系档案管理部门，确认档案当前状态。

2. 根据就业情况处理

   • 已就业 ：向新单位申请调档，或通过单位转存至当地人才市场。

   • 未就业 ：可申请将档案挂靠至户籍地人才市场，或委托第三方档案服务公司。

3. 避免档案丢失风险

   • 挂靠时缴纳档案保管费，避免因欠费导致档案封存。

   • 定期检查档案完整性，发现异常及时补办。

四、特殊情况说明

• 档案自留 ：极少数情况下，档案可能因特殊原因（如继续深造）由学校保留，但这种情况非常罕见。

• 法律咨询 ：若档案被非法扣留或丢失，建议通过法律途径**。

建议优先联系原学校核实档案状态，并根据就业规划及时办理调档手续，以确保档案的合法性和有效性。