一个公司实行两种考勤制度是否合法，取决于其是否符合劳动法规定及员工知情同意的情况。

在实际操作中，一个公司采用两种考勤制度是可能的，但需满足以下条件：

1. 符合法律规定：

   • 考勤制度的内容必须符合劳动法及当地相关法规，包括工作时间、休息时间、加班规定等。
   • 任何涉及员工切身利益的变更，如考勤制度的调整，都应提前与员工代表协商，并按照法定程序进行。

2. 员工知情同意：

   • 公司应确保所有员工清楚了解并同意所实施的考勤制度，包括其权利和义务。
   • 如果考勤制度对不同岗位或员工群体有不同的要求，公司应提供合理的解释和依据，以确保制度的公平性和透明度。

3. 不歧视原则：

   • 考勤制度不应基于性别、年龄、种族、宗教等任何歧视性因素，而应根据工作性质、岗位要求和业务需要来制定。
   • 如果公司实施多种考勤制度，应确保所有员工在类似情况下受到平等对待，不因制度差异而受到不公平的影响。

4. 合理性与必要性：

   • 公司应证明实施多种考勤制度是合理且必要的，以满足其业务运营和员工管理的需求。
   • 如果公司能够提供充分的证据和解释，说明不同考勤制度对提高工作效率、改善员工福利或促进业务发展的必要性，则更有可能被视为合法。

总结：一个公司实行两种考勤制度本身并不违法，但必须确保其符合法律规定、员工知情同意、不歧视原则，并具有合理性和必要性。在实际操作中，公司应与员工保持良好的沟通，确保制度的透明度和公平性，以避免潜在的法律风险和员工不满。