县卫健委

乡镇卫生院院长的管理主体需结合行政属性和管理体制综合分析，具体如下：

一、主要管理主体

1. 县卫健委

   乡镇卫生院属于县卫健委管理的公益一类事业单位，其人事权、财政权均归县卫健委。院长由县卫健委党组提名、任命，属于县卫健委系统内的人员。

2. 双重管理体系

   乡镇卫生院同时接受县卫健委的业务指导与监督，以及乡镇政府的行政管理。但需注意，乡镇政府无权直接干预医院的人事和财务决策。

二、管理权限与职责差异

• 县卫健委

  负责院长的选拔任用、绩效考核及业务指导，确保医疗服务质量与基层卫生规划。

• 乡镇政府

  作为基层行政单位，主要通过政策支持、资源协调等方式参与管理，例如公共卫生任务分配、医疗费用补贴等。

三、特殊情况说明

随着医改推进，部分乡镇卫生院可能纳入县医院医共体管理，此时院长由医共体统一任命，但需报县卫健委备案。但此情况属于改革试点，并非普遍现象。

总结

乡镇卫生院院长以县卫健委为核心管理主体，同时接受乡镇政府的协调配合，形成“县卫健委指导、乡镇政府配合”的管理机制。