工程结算中涉及扣款的会计分录处理需根据扣款原因分类操作，核心原则是确保账务准确反映合同履行情况，同时符合税务规定。常见场景包括质量扣款、工期延误罚款等，需通过调整“应付账款”“工程施工”等科目实现账务匹配。以下是具体处理方式：

1. 质量扣款处理
   因工程质量问题产生的扣款，视为销售折让。会计分录示例：

   • 借记“应付账款—施工单位”，贷记“银行存款”（支付扣款后净额）；
   • 同步冲减成本：借记“工程施工”，贷记“应付账款—施工单位”（扣款部分）。

2. 工期延误罚款
   合同约定的违约金需单独核算，通常计入“营业外支出”：

   • 借记“营业外支出—违约金”，贷记“应付账款—施工单位”；
   • 实际支付时借记“应付账款”，贷记“银行存款”。

3. 税务处理要点
   质量扣款若涉及增值税，需开具红字发票冲减销项税额；企业所得税需按净额确认收入，确保与国税函875号规定一致。

4. 工程结算对冲
   项目完工时，需将“工程施工”余额与“工程结算”科目对冲：

   • 借记“工程结算”，贷记“工程施工”（含扣款调整后的最终成本）。

正确处理扣款不仅能避免税务风险，还能真实反映项目盈亏。建议企业结合合同条款与会计准则，定期审核账务，确保扣款记录的完整性与合规性。