医保特殊门诊包含多种病种，不同地区规定有所不同，常见的有22种，部分地区有调整，如重庆新版门诊特殊疾病病种分为一类14个和二类39个。

1. 常见的医保特殊门诊病种有冠心病、高血压三期、糖尿病、肝硬化、精神病、恶性肿瘤、肾透析、肾移植术后、帕金森病、类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、乳腺癌（内分泌治疗）、肝豆状核变性、慢性心力衰竭、慢性肾功能不全、癫痫、膀胱肿瘤（灌注治疗）、甲状腺功能亢进、丙型肝炎、肝移植术后、造血干细胞移植术后、前列腺癌（内分泌治疗）等。
2. 重庆新版门诊特殊疾病病种一类有慢性肾衰竭血液净化治疗、器官（包括组织、细胞）移植术后抗排异治疗、恶性肿瘤、血友病、再生障碍性贫血、地中海贫血（中、重型）、扩张型心肌病、克山病、阿尔茨海默病、艾滋病机会性感染、耐药结核病、高苯丙氨酸血症（苯丙酮尿症、四氢生物蝶呤缺乏症）、普拉德 - 威利综合征、原发性生长激素缺乏症等14个。
3. 部分病种有特殊备案规定，如艾滋病由各辖区卫生健康部门集中受理备案；失代偿期肝硬化、儿童孤独症等实行无感备案；糖尿病胰岛素治疗免备案直接结算。

医保特殊门诊病种会根据地区政策有所调整，具体可咨询当地医保部门。