法院落实“三个规定”存在的主要问题可归纳为以下五点，结合权威信息源分析如下：

1. 制度理解与执行深度不足

   部分干警对“三个规定”内涵理解不深入，存在“人情关”“面子关”等思想障碍，导致违规干预案件现象时有发生。例如，个别干警仍以“熟人案”为由违反规定。

2. 操作性与监督机制薄弱

   现行制度在具体事项界定上不够清晰，操作性不足，且监督力度有待加强。例如，对“过问案件”的记录标准、责任追究流程等细节尚未完全落实，导致执行效果打折扣。

3. 外部干预压力与内部管理矛盾

   部分领导干部以组织名义干预司法，法院工作人员存在“不敢说、不愿说”的心理压力。离任法官违规从事律师职业等行为尚未得到有效管控。

4. 长效机制建设滞后

   尽管最高人民法院已出台多项配套文件，但部分法院在制度衔接、责任落实方面仍存在短板，未能形成系统化、长效化的执行体系。

5. 监督执纪力度需强化

   尽管法院监察部门开展排查整改，但违规行为查处力度不足，部分违纪违法问题未能及时发现和惩处，削弱了制度的威慑力。

总结 ：法院落实“三个规定”需从制度完善、监督强化、思想教育等多方面入手，建立长效机制，确保司法公正廉洁。