根据《中华人民共和国道路运输条例》及最新政策，道路运输经营许可证的办理部门及流程如下：

一、办理部门

1. 县级以上道路运输管理机构

   负责具体实施道路运输管理工作，包括受理申请、现场核查、审批决定等环节。

2. 市级及以上交通运输主管部门

   • 县级行政区域内及毗邻县间客运经营：向县级交通运输主管部门申请。

   • 省际、市际（不含毗邻县间）客运经营：向市级交通运输主管部门申请。

   • 直辖市内客运经营：向直辖市人民政府确定的交通运输主管部门申请。

二、办理流程

1. 申请提交

   向县级政务服务中心交通局窗口递交材料，包括申请表、车辆证明、经营方案等。

2. 材料受理与审查

   管理机构在20日内完成材料审核，符合条件的发放许可证并配发车辆营运证。

3. 现场核查

   审核通过后进行实地核查，确保实际经营情况与申请一致。

4. 领取证件

   审批通过后凭通知书到指定地点领取《道路运输经营许可证》。

三、法律依据

《道路运输条例》第七条明确各级交通运输主管部门的职责分工，确保审批流程的规范性。