股东出资纠纷的判决结果主要依据出资协议、公司章程及法律规定综合判定，具体处理方式如下：

一、核心判决原则

1. 出资义务不可免除

   股东转让股权后，其出资义务不因股权转让而消灭，仍需向公司补缴未出资部分。

2. 以实际交付为准

   法院以股东是否实际将货币存入公司账户或完成非货币财产权属转移为判断标准，仅提交出资证明书不足以证明履行义务。

二、具体判决要点

1. 出资不足的处理

   • 补足责任 ：未履行出资义务的股东需在未出资本息范围内对公司债务承担补充赔偿责任。

   • 违约责任 ：依据出资协议或法律规定，要求支付违约金或赔偿损失，严重者追究刑事责任。

2. 出资瑕疵的后果

   存在虚假出资、抽逃出资的股东，可能被限制表决权、利润分配权，甚至被要求返还出资及利息，并处以罚款。

三、举证责任与争议解决

• 举证责任 ：股东需提供银行转账记录、权属转移证明等，仅提交出资证明书可能被驳回。

• 管辖与起诉 ：由公司住所地法院管辖，其他足额出资股东可共同起诉。

四、典型案例参考

• 案例中股东未全面履行出资义务即转让股权，二审法院判决其补缴出资差额，体现了出资义务与股权转让的独立性。

总结 ：法院判决以实际出资为基准，结合协议条款和法律规定，兼顾公司债权人、其他股东及股东自身权益，确保公司资本充实与交易安全。