三个股东分配股权的核心原则是基于各自出资比例、资源贡献和职能分工进行差异化配置，通常采用动态调整机制应对未来发展变化，并预留10%-20%股权池用于激励核心团队或引入新投资人。

出资比例与资源价值是股权分配的基础。假设总注册资金为100万元，若三位股东分别出资50万元、30万元、20万元，则初始股权可对应为50%、30%、20%。但需叠加评估技术专利、行业资源等无形资产，例如持有核心技术的股东可额外获得5%-15%股权补偿。

角色分工与决策权分配需与股权挂钩。建议将股权与职位权责相结合：CEO通常持股35%-45%以保持决策效率，CTO根据技术价值持股20%-30%，COO或销售负责人持股15%-25%。同时明确投票权规则，避免重大决策陷入僵局，例如约定持股超51%的股东享有一票通过权。

动态调整机制可设置业绩对赌条款。例如约定两年内未完成营收目标的股东减少5%股权，超额完成者增加对应比例；或引入分期兑现（Vesting）条款，分四年逐步解锁股权，中途退出者按未兑现比例回购。

遇到分歧时可参考三分法：将40%股权按出资分配，30%按职责贡献分配，30%设为期权池。若股东后续投入资源变化，可通过增资扩股或股权转让调整结构。务必签订书面协议，明确退出机制和纠纷处理方式，必要时引入独立董事协调。

股权分配直接影响企业稳定性和融资潜力，建议初期咨询专业机构进行财务建模和风险评估，通过股东协议明确权利边界，并预留法律修订空间以适应发展阶段需求。