大股东清理小股东的方式通常包括以下几种：

1. 股权收购：大股东可以通过直接向小股东提出股权收购的方式，以一定的价格购买小股东所持有的公司股份。这样，小股东可以获得现金或其他形式的回报，从而退出公司。

2. 股权稀释：大股东可以通过增发新股或引入新的投资者来稀释小股东的股权比例。当小股东的股权被稀释到一定程度时，他们可能失去对公司的影响力，从而选择出售股份或退出。

3. 公司章程修改：大股东可以通过修改公司章程来改变公司的治理结构，例如增加董事会席位或改变决策机制。这样，小股东可能失去对公司决策的影响力，从而选择退出。

4. 股东协议终止：如果公司存在股东协议，大股东可以通过终止该协议来清理小股东。股东协议通常规定了股东之间的权利和义务，如果协议被终止，小股东可能失去其在公司中的地位和权益。

5. 法律手段：在极端情况下，大股东可以通过法律手段来清理小股东，例如提起诉讼或利用破产程序。这些手段通常成本高昂且耗时较长，因此不太常见。

总结：大股东清理小股东的方式多种多样，具体选择取决于公司的具体情况和大股东的目标。无论采用哪种方式，都应确保符合法律规定，并尽量减少对公司和其他股东的负面影响。