以房抵工程款属于取得经济利益的清偿形式，双方需要依法缴纳税款，包括增值税、土地增值税和企业所得税等。这种交易实质上被视为房屋销售行为，需按税法规定进行税务处理。

1. 税务处理要点

• 增值税：以房产抵付工程款，需视同房屋销售，按照房屋的评估价和当地增值税率计算缴纳增值税。
• 土地增值税：需依法申报并缴纳土地增值税，具体金额依据房屋的市场评估价和相关税率计算。
• 企业所得税：房地产企业需确认房屋销售收入，并据此缴纳企业所得税。

2. 发票与过户要求

• 发票开具：双方需分别开具增值税专用发票，房地产企业向建筑商开具“销售不动产”发票，建筑商向房地产企业开具“建筑业”发票。
• 产权过户：房屋产权需办理过户手续，确保抵债行为合法有效。

3. 注意事项

• 合法性审查：抵债协议需满足债务到期、资产交付、债务消灭等条件，避免因协议不成立引发法律纠纷。
• 税务申报：双方需主动向税务机关申报相关税种，避免因未申报或申报不及时产生税务风险。

总结

以房抵工程款需按照税法规定缴纳增值税、土地增值税和企业所得税，同时确保发票开具和产权过户的合规性。建议企业在操作前咨询专业税务顾问，确保合法合规完成交易。