​​更新目录后格式混乱的核心原因是文档结构或样式未正确同步​​，常见于标题层级错乱、手动修改目录域代码或分节符干扰。​​关键问题​​包括：未使用标准标题样式、直接编辑目录文本而非更新域、分节符导致页码不连续等。以下是具体分析和解决方案：

1. ​​标题样式不规范​​
   目录依赖标题1/2/3等层级样式自动生成。若正文误用自定义格式（如手动加粗而非"标题1"样式），更新时无法识别层级关系。解决方法是全选文本后统一应用标准标题样式，再重新生成目录。

2. ​​手动篡改目录域代码​​
   直接修改目录中的文字或页码会破坏域代码逻辑，导致更新失效。正确做法是右键目录选择"更新域"，根据需要选"仅更新页码"或"更新整个目录"。

3. ​​分节符与页码冲突​​
   分节符若设置不同页码格式（如罗马数字/阿拉伯数字混用），会引发目录页码错位。检查分节符位置，确保连续页码格式统一，或删除多余分节符后更新目录。

4. ​​未及时更新目录​​
   增删内容后未同步更新目录，会导致页码或标题不匹配。建议开启Word的"自动更新目录"功能（引用→目录→自定义目录中勾选），或养成手动按F9键更新的习惯。

5. ​​隐藏字符干扰​​
   文档中的特殊符号（如手动换行符、不可见空格）可能被误识别为标题。通过"显示/隐藏编辑标记"（¶）排查异常符号并清理。

​​总结​​：规范使用标题样式、避免手动修改目录、定期更新域代码是保持目录整洁的关键。对于复杂文档，建议分章节生成目录并备份原文件以防意外。