公积金还贷从银行卡扣款的主要原因如下：

1. 账户余额不足

   若公积金账户余额不足以覆盖当月月供，系统会自动从绑定的银行卡补扣差额。这是最常见的情况，尤其是首次还款或账户余额波动较大时。

2. 未办理公积金冲还贷业务

   若未主动申请“月冲”或“年冲”服务，系统默认从银行卡扣款。即使账户有余额，也不会优先使用公积金余额。

3. 对冲业务设置问题

   办理了公积金对冲业务后，若账户余额不足，仍会从银行卡扣款。例如“年冲”方式虽可一次性偿还部分本金，但后续仍需按月还款。

4. 账户资金未到账

   若公积金账户资金未及时转入还款账户，系统无法从公积金扣款，只能从银行卡补扣。

5. 多账户协同扣款

   在主贷人账户余额不足时，系统会依次扣除配偶公积金账户及银行卡资金，直至还清月供。

建议 ：若希望优先使用公积金扣款，需办理“月冲”或“年冲”业务，并确保账户余额充足。若系统仍从银行卡扣款，可检查对冲业务设置及账户资金到账情况。