如果您的二级建造师证书被公司扣留，您可以采取以下步骤来解决问题：

1. 与公司沟通 ：首先尝试与公司进行沟通，了解扣留证书的原因，并要求合理归还。有时候问题可能因为误解或沟通不畅导致，直接沟通可能能够解决问题。

2. 寻求法律帮助 ：如果公司拒绝归还证书，您可以联系当地劳动监察部门或法律援助机构寻求帮助。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条和第八十四条，用人单位不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，否则劳动行政部门会责令限期退还劳动者，并可能给予处罚。

3. 劳动仲裁 ：如果协商无效，您可以申请劳动仲裁。劳动仲裁通常支持个人，单位无理由不能扣证。

4. 挂失证书 ：如果公司仍然拒绝归还证书，您可以向注册部门（如住建厅或建委）申请证书丢失挂失。挂失后，您可以重新办理证书，但需要注意的是，挂失后的证书与原证书具有相同的法律效力，且注册信息需要重新更新。

5. 直接上门讨要 ：如果其他方法都无效，您可以考虑直接上门讨要证书，或者通过法律途径解决，比如直接报警，说明您的人身安全受到威胁。

6. 联系公司高层 ：有时候，直接联系公司的高层管理人员可能会更有效，因为很多情况下，建造师证书被扣留是下面办事的人在操作，而高层管理人员可能并不知情。

在处理这类问题时，请保持冷静和理智，尽量通过合法途径解决问题。同时，保留好所有相关的证据和沟通记录，以便在需要时提供证明。