二级建造师证书被单位扣押是一个比较常见的问题，尤其是在建筑行业。面对这种情况，你需要采取一系列的步骤来解决问题，并确保你的合法权益得到保护。

需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律规定，企业不得以任何理由向员工收取押金和证件。这意味着，如果你是自费考取的二级建造师证书，那么离职后公司无权扣留你的证书。如果公司违反了这一规定，你可以尝试与公司协商解决，明确指出公司的行为违法并要求归还证书。

如果协商无果，你可以选择向劳动部门举报，要求公司改正并退还证书。你还可以选择申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的权益。在进行这些法律行动之前，建议先收集所有相关的证据，包括但不限于合同、工资单、证书注册情况等，以便在必要时提供给相关部门作为支持材料。

对于那些证书已经在原单位注册的情况，你可以向原单位提交二级建造师转出手续，单位应当配合建造师办理转出手续。如果原单位不配合，可以向建委相关部门提交申诉书。在某些情况下，如果确实无法通过协商或其他非诉讼手段拿回证书，你还可以考虑到发证机构申请补办，同时注销原证。这样做虽然不是最理想的解决方案，但在特定情境下可能是必要的。

值得注意的是，有些案例中提到可以通过“闹”的方式解决问题，即频繁地去掌管证书的人或者老总办公室，以此施加压力。这种方法并不总是有效，且可能引起不必要的冲突，因此并不推荐作为首选策略。

有一种更为正式的方法是通过登报声明遗失的方式来进行证书的补办。具体流程通常包括先登报声明证书遗失，然后携带相关证明材料前往当地的人社局或相应的政府管理部门申请补办。不过，这种方法只能解决证书被扣的问题，并不能直接解决单位不给你注销证书的问题。

最后，如果上述方法都无法解决问题，你还可以考虑投诉原单位盗用信息，即向单位上级主管部门的网站投诉，说明你的证书信息莫名其妙地注册在某家单位之后，希望有关部门帮助协调处理。这种做法可能会促使单位主动解决问题，避免进一步的纠纷。

面对二级建造师证书被单位扣押的情况，最重要的是保持冷静，合理合法地维护自己的权益。从初步的沟通协商到最终可能采取的法律手段，每一步都需要谨慎对待，并尽可能多地准备相关证据和支持材料。同时，也要注意不要采取过于激进的态度，以免造成不必要的麻烦。如果你发现自己处于这样的困境中，不妨寻求专业的法律咨询，以获得更加个性化的指导和支持。