签了三方协议但考上研究生后，无需担心协议自动失效，用人单位不得因此要求赔偿。以下是具体应对步骤：

1. 及时与用人单位沟通

• 说明情况：向用人单位说明已考上研究生，并表达希望解约的意愿。
• 提供证明：出示研究生录取通知书，作为解约依据。

2. 获取解约文件

• 申请解约函：要求用人单位出具书面“解约说明”或“情况声明”，明确协议解除。
• 确保文件完整：确保文件由用人单位盖章，并注明协议失效的具体日期。

3. 与学校沟通，确保档案顺利转移

• 联系就业指导中心：告知学校考上研究生并解约的情况。
• 档案处理：学校会根据解约函将档案转至研究生院，无需担心档案滞留。

4. 注意事项

• 违约金问题：一般情况下，考上研究生不属于违约行为，用人单位不得收取违约金。
• 档案安全：解约后，务必确认档案已转至研究生院，避免影响后续入学手续。

5. 总结

考上研究生后，与用人单位解约并完成档案转移是关键步骤。及时沟通并保留书面证明文件，确保流程顺利，避免后续纠纷。如有疑问，可咨询学校就业指导中心或用人单位人力资源部门。