检察院不起诉后能否申请赔偿需分情况讨论，主要依据是否属于法定赔偿情形及是否因错误羁押导致权益受损。以下是具体分析：

一、可申请赔偿的情形

1. 证据不足导致不起诉

   若因案件事实不清、证据不足被检察院二次补充侦查后仍决定不起诉，属于法定赔偿情形，可申请国家赔偿。

2. 错误羁押情形

   若存在以下情况，即使情节轻微，也可申请赔偿：

   • 无犯罪事实或证据不足被错误拘留、逮捕；

   • 长期羁押超期未起诉，导致合法权益受损。

二、不可申请赔偿的情形

1. 情节轻微或法定不起诉

   若检察院以“情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪”等法定理由作出不起诉决定，且不存在错误羁押，通常不支持赔偿。

2. 酌定不起诉

   检察院基于社会危害性、犯罪情节等综合考量主动决定不起诉的，属于酌定行为，一般不支持赔偿。

三、赔偿程序与时效

• 申请时效 ：收到不起诉决定书后2年内提出赔偿申请，逾期可能丧失救济权。

• 赔偿决定 ：赔偿义务机关需在2个月内作出是否赔偿的决定，逾期可向法院提起行政诉讼。

四、注意事项

• 若对赔偿决定有异议，可在法定期限内向人民法院提起行政诉讼；

• 部分情况下可通过申诉等非诉讼途径维护权益，但需结合具体情形判断。

申请赔偿需严格对照法定情形，建议及时咨询专业律师评估案件细节。