延期毕业是否影响三方协议效力，核心取决于协议条款是否明确约定毕业时间。若协议未作要求，通常仍有效；若明确约定且违约，可能需承担法律责任或协议自动解除。

1. 协议条款优先性
   三方协议的法律效力以条款约定为准。若协议中未提及毕业时间或延期处理方式，仅因延期毕业不会直接导致协议失效。但若明确将“按期毕业”作为条件（如约定“乙方须于2025年6月取得毕业证”），未满足则可能构成违约，用人单位有权解除协议。

2. 实际操作中的灵活性
   部分用人单位可能根据实际情况调整约定，尤其是短期延期（如1-2个月）。可通过协商补充协议或延长入职时间解决。但长期延期（如半年以上）可能被视作根本违约，协议自动终止。

3. 法律风险与应对建议
   若因主观原因（如挂科）导致延期，需承担协议解除风险；若因不可抗力（如疾病），可依据《劳动合同法》主张免责。建议主动与用人单位、学校沟通，争取书面补充协议，避免争议。

总结：延期毕业对三方协议的影响并非绝对，关键在条款细节与协商空间。毕业生应优先核查协议内容，积极沟通以降低风险，必要时寻求法律咨询保障权益。