根据《劳动法》及现行规定，底薪与绩效工资的扣除需遵循以下原则：

一、扣除依据与标准

1. 绩效工资可扣除

   绩效工资属于劳动报酬的一部分，用人单位可依据绩效考核结果进行扣除，但需符合以下条件：

   • 扣除需有合法依据（如绩效考核制度、员工行为规范等）；

   • 每月扣除额不得超过当月工资的20%，且扣除后不低于当地最低工资标准。

2. 底薪原则上不得随意扣除

   底薪通常与出勤挂钩，属于固定性收入，除非员工存在严重违纪行为（如旷工、违法等），否则不得随意扣除。

二、具体操作建议

• 明确考核制度 ：公司需制定并公示绩效考核标准，确保考核过程透明、公平；

• 保留扣款证据 ：如员工手册、考核记录等，以备后续可能的法律纠纷；

• 计算方式示例 ：若绩效工资占比30%（底薪5000+绩效1000=6000），绩效未达标可扣除300元（1000×30%），但需确保剩余工资不低于当地最低工资标准。

三、法律依据

《工资支付暂行条例》第十五条规定，用人单位代扣工资仅限于法定情形（如税款、社保等），且扣除比例有限制。