档案认定处理的责任部门需根据档案类型和所属机构进行区分，具体如下：

一、人事档案管理

1. 事业单位在编人员

   由上级主管单位（如局、厅、部）的人事部门管理，例如卫生局内部人员档案由局人事部门负责。

2. 企业及机关人员

   一般由单位内部的人事部门或档案管理部门负责，涉及档案的收集、整理、保管及违规处理。

二、国家及地方档案行政管理部门

1. 国家层面

   国家档案行政管理部门（如国家档案局）负责全国档案事业的统筹规划、监督和指导。

2. 地方层面

   县级以上地方人民政府的档案行政管理部门主管本行政区域内的档案工作，对所属单位进行监督和指导。

三、专业技术职称认定

档案专业职称认定由 档案专业评审委员会 负责，例如广州市档案局下属的中级职称（馆员）认定由市档案专业馆员资格评审委员会承担。

四、档案丢失或违规处理

若档案因管理不善丢失，需由 单位内部 对相关责任人依法给予行政处分；若涉及国家机关或公共档案，可能由 监察机关或档案行政管理部门 介入处理。

总结

档案认定处理涉及多个层级和部门，需明确档案归属主体，并依据《档案法》等法律法规履行管理职责。具体操作中，单位应建立完善的档案管理制度，确保档案安全与完整。