古代查案部门因朝代不同而有所差异，主要分为中央和地方两类机构：

一、中央司法机关

1. 大理寺

   • 职能 ：全国最高法律机构，负责刑狱案件审理，与刑部、都察院合称“三法司”。重大案件由三法司会审，初审以刑部、都察院为主，复审以大理寺为主。 - 沿革 ：起源于秦汉的廷尉，北齐时改称大理寺，隋唐时期确立为最高审判机关，明清沿用。

2. 刑部

   • 职能 ：主管天下刑名（刑法制定与执行），与大理寺、都察院分工协作。宋朝时与大理寺合并，强化司法职能。

3. 都察院

   • 职能 ：负责纠察百官，监督司法审判，与大理寺共同构成“三法司”体系。

4. 宋朝特设机构

   • 鞫案庭 ：管理司法事务，下设京畿鞫案院等机构，承担刑事、民事案件审理，注重证据审查与公正审判。

二、地方司法机关

• 县衙 ：基层司法机构，由县令或知县主持，负责辖区案件审理。例如清末杨乃武与小白菜冤案即由余杭知县刘锡同审理。

三、其他特殊机构

• 厂卫 （明代）：特务司法机关，负责监察与侦查，权力独立于常规司法体系。- 理藩院 （清代）：处理少数民族事务的专门机构，兼具司法职能。

总结 ：古代查案体系以中央“三法司”为核心，地方以县衙为基础，不同时期增设特务或民族事务机构以适应统治需求。