机关事业单位养老改革的实施难点主要集中在历史遗留问题、制度缺陷、利益分配、资金管理及信息透明度等方面，需通过制度统一、公平衔接和动态调整逐步解决。

1. 历史遗留与制度差异：改革受早期城乡二元结构影响，事业单位养老保险长期独立于企业体系，导致制度碎片化。地区间缴费标准、待遇水平差异显著，并轨后新旧制度过渡困难，部分群体面临待遇落差。

2. 利益分配与公平性问题：企业和职工对缴费责任、退休金发放存在争议，职业年金等补充机制未能完全弥补待遇差距。经济落后地区财政压力大，进一步加剧区域间不公平。

3. 资金可持续性挑战：养老基金规模庞大但投资渠道受限，需平衡收益与风险。人口老龄化加剧收支矛盾，部分地区出现支付缺口，长期保值增值机制亟待完善。

4. 配套措施与执行阻力：政策宣传不足导致基层误解，职业年金管理不规范影响信任度。部分人员因担忧待遇下降提前退休，加剧人才流失和财政负担。

改革需强化顶层设计，结合地方实际灵活推进，同时提升透明度和公众参与，确保制度平稳过渡。