当企业发现多扣了员工的个人所得税时，需通过以下步骤进行账务处理：

一、调整多扣个税金额

1. 重新计算应扣税额

   根据员工实际应纳税所得额和适用税率，重新核算应扣个人所得税金额。

2. 计算差额

   比较重新计算的应扣金额与实际扣缴金额，确定多扣的金额。

二、账务处理步骤

1. 调整多扣部分的账务分录

   若多扣发生在工资发放时，需调整原工资发放分录：

   • 借：应交税费-应交个人所得税（多扣部分）

   • 贷：应付职工薪酬-工资

2. 实际退还多扣金额

   将多扣的个税退还给员工时，需做如下分录：

   • 直接退还 ： $$借：应付职工薪酬-工资（多扣部分）
     贷：银行存款（多扣金额）$$$$
   • 冲减下期应扣税额 （可选）：
     将多扣部分转入“应交税费-应交个人所得税”的贷方，抵减下期应扣税额

三、注意事项

1. 申报与发放的衔接
   若多扣发生在申报后但工资未发放时，需先调整申报数据，再处理工资发放。
2. 财务报表披露
   需在财务报表中披露“其他应付款-应退个人所得税”科目余额，确保透明度。
3. 员工税务处理
   员工收到退税后，需在个人账簿中增加“现金”或“银行存款”，减少“其他应收款”。

四、示例

假设某员工多扣了254.80元个税：

1. 调整分录：
   $$借：应交税费-应交个人所得税 254.80
   贷：应付职工薪酬-工资 254.80$$
2. 退还分录：
   $$借：应付职工薪酬-工资 254.80
   贷：银行存款 254.80$$
3. 结果：
   “应交税费-应交个人所得税”贷方余额归零，企业和员工互不相欠。

通过以上步骤，可确保账务处理的准确性和合规性。