小规模纳税人超过起征点时，申报表填写需根据是否享受小微企业政策及发票类型分情况处理，具体如下：

一、基础填写规则

1. 全额申报 ：超过起征点的销售额需全额填写在增值税主表中，无需分免税与不免税部分。

2. 适用政策判断 ：若符合小微企业免征增值税政策（如季度销售额≤30万元），需在申报表中明确标注免税销售额。

二、不同发票类型的处理

1. 自开增值税专用发票

   • 在主表第2栏（不含税销售额）和第5栏（应纳税额）分别按3%和5%征收率填写开具的专用发票销售额。

2. 开具增值税普通发票

   • 含税销售额填写在第12栏“其他免税销售额”；若涉及专票与普票混合，需在主表第1栏（不含税销售额）及对应栏次体现。

三、减免税申报明细表

• 需填写情况 ：若存在增值税免税业务（如疫情期间免税），需在减免税申报明细表中选择对应减免项目代码（如0001120602-0001120606），并手工计算免税额。

• 无需填写情况 ：仅申报应税收入时，减免税申报明细表可空填。

四、注意事项

• 系统自动生成 ：若未达起征点，系统会自动按1%税率计算税额，无需手动调整。

• 检查校验 ：填写完成后需核对主表与明细表数据一致性，确保应纳税额计算正确。

总结 ：超过起征点的小规模纳税人需根据发票类型和税收政策，在主表中全额申报应税收入，并结合免税业务在明细表中补充说明。