小规模纳税人开具普通发票的做账核心是：通过“应收账款”“主营业务收入”和“应交税费—应交增值税”科目记录收入，并按实际业务匹配成本分录，且普通发票的增值税额不可抵扣。

1. 收入确认
   开具普通发票时，按价税分离原则记账。例如，收入1万元（含税），增值税征收率3%，则分录为：
   借：应收账款—购货单位 10,000元
   贷：主营业务收入 9,708.74元
   贷：应交税费—应交增值税（销项税额）291.26元

2. 成本匹配
   若涉及进货或生产成本，需同步结转。例如采购原材料1万元：
   借：原材料 10,000元
   贷：应付账款—供货单位 10,000元
   销售后结转成本：借：主营业务成本 贷：库存商品

3. 税务处理
   小规模纳税人普通发票的增值税直接计入“应交税费—应交增值税”，无需抵扣。期末按实际缴纳的增值税额申报，无需区分销项与进项。

总结：小规模纳税人普通发票做账需严格区分收入与税费，成本分录与实际业务挂钩，且增值税处理简单，仅需按销售额计提并缴纳。