​​若两家公司重复申报个税减除费用，需及时沟通更正或通过年度汇算清缴调整，避免补税风险。​​关键解决步骤包括：​​核对申报记录、联系公司更正、留存证据、汇算时多退少补​​，具体操作如下：

1. ​​立即核查申报情况​​
   通过个人所得税APP查看收入纳税明细，确认是否存在两家公司同时扣除每月5000元减除费用的情况。若发现重复申报，需明确实际任职关系，区分错误申报或真实双重收入。

2. ​​主动联系公司修正​​
   优先与其中一家公司（如非实际雇主或收入较低方）沟通，要求其财务部门更正申报信息，撤销错误的减除费用扣除。若公司配合，系统将更新数据；若未及时处理，需在汇算清缴阶段自行调整。

3. ​​汇算清缴合并申报​​
   次年3月至6月，通过个税APP合并全年收入，系统会自动计算实际应纳税额。重复扣除的6万元减除费用将统一核算，多缴部分可申请退税，少缴则需补税。例如：两家公司全年合计扣除12万元，汇算时仅认可6万元，超出部分需补税。

4. ​​专项附加扣除注意事项​​
   同一专项附加扣除项目（如子女教育、房贷利息）仅能选择一家公司申报。若重复扣除，汇算时需手动调整，否则可能触发税务预警。

5. ​​留存证据备查​​
   保存工资流水、个税申报截图、公司沟通记录等材料，以备税务机关核查。若因重复扣除导致争议，可凭证据申诉或申请退税。

​​提示​​：2025年起税务系统严查重复扣除行为，建议尽早处理。若收入涉及多家公司，可优先在高收入方扣除减除费用，降低汇算补税压力。