‌员工可以在两个公司申报个税，但需注意合并收入后按综合所得计税，避免重复扣除专项附加或漏缴税款。‌

1. ‌法律允许多重收入申报‌
   根据中国个税法，纳税人从多处取得的工资薪金、劳务报酬等收入，均需依法申报纳税。若员工同时在两家公司任职（如兼职、跨平台合作），两家公司可分别为其预扣预缴个税，但员工需在次年3月1日至6月30日办理汇算清缴，合并全年收入重新计税。

2. ‌专项附加扣除不可重复享受‌
   专项附加扣除（如子女教育、房贷利息等）同一纳税年度内仅能选择一处扣缴义务人申报。若两家公司均扣除同一项目，汇算时需更正并补缴税款，否则可能面临滞纳金或罚款。

3. ‌企业代扣与个人申报责任‌
   企业按单笔收入预扣个税时，通常不掌握员工其他收入情况，因此员工需自行确保汇总申报。若未如实申报，税务机关可能通过大数据比对发现差异，要求补税或追究责任。

4. ‌高收入者税负可能增加‌
   分开申报时，单笔收入可能适用较低税率，但合并后若进入更高税档（如超过30%），需补缴差额。建议提前测算税负，合理规划收入结构。

‌总结‌：双重申报个税合法，但需主动完成汇算清缴，确保扣除项目合规，避免税务风险。如有复杂收入情况，可咨询专业机构或税务机关。