根据最新税务规定，两家公司扣缴申报时若存在重复扣税情况，需注意以下要点：

一、基本费用扣除限制

1. 每月5000元基础费用 ：若同一纳税人在两家公司均被预扣5000元/月，系统会检测到重复扣除，需在年度汇算清缴时调整。

2. 年度累计限制 ：综合所得全年基本费用扣除上限为6万元，重复预扣需在汇算时补税。

二、专项附加扣除规则

1. 单一选择原则 ：同一专项附加扣除（如子女教育、住房**利息等）只能选择其中一处任职单位申报扣除，不可重复享受。

2. 跨单位调整限制 ：若更换扣缴单位，需在次年汇算清缴时重新申报，不可跨年度变更扣减公司。

三、处理建议

• 扣缴义务人确认 ：建议两家公司协商，选择其中一家单位统一代扣5000元基础费用，避免重复申报。

• 汇算清缴调整 ：若已重复预扣，可通过个人所得税App或线下申报在汇算时多退少补。

法律依据 ：根据《个人所得税法》及最新实施细则，重复扣除属于违规行为，但可通过汇算清缴纠正，不会产生法律处罚。