公司未经员工同意擅自申报个人所得税的行为，属于违法行为，主要涉及以下法律问题：

1. 违反代扣代缴义务

   根据《中华人民共和国个人所得税法》及实施条例，公司作为扣缴义务人，仅能代扣代缴员工应纳税款，无权擅自申报或篡改申报信息。若公司擅自操作，可能面临税务机关的追责，包括补缴税款、滞纳金及罚款。

2. 侵犯员工权益

   该行为侵犯了员工的知情权、隐私权及工资自主使用权。若导致员工多缴税或信用受损，员工可依法**，要求停止侵权并索赔。

3. 可能的法律后果

   • 对公司 ：税务机关可责令改正，追缴税款及滞纳金，并处5万元以下罚款；若构成犯罪，将追究刑事责任。

   • 对员工 ：若因误操作导致多缴税，可通过税务申诉或法律途径要求退税；若造成信用记录异常，可向征信机构投诉。

处理建议 ：

• 保留证据 ：保存工资流水、银行对账单等凭证，作为后续核查依据。

• 协商解决 ：首先与公司沟通，要求纠正错误并返还多扣款项。

• 举报** ：若协商无果，可向税务机关或市场监管部门举报，必要时通过法律途径起诉索赔。