工资单与个税申报不一致时，需根据具体原因采取相应措施，核心原则是以税务系统数据为准。以下是处理流程及注意事项：

一、核心处理原则

以税务系统数据为准 ：若申报数据正确，则需调整工资表；若工资表数据正确，则需在税务系统更正申报。

二、具体处理措施

1. 核对信息差异

   • 通过个人所得税APP或工资条，确认具体金额和项目差异（如税前税后差异、小数点折算误差等）。

2. 联系扣缴义务人

   • 要求雇主或财务部门核实工资计算、扣除项目（如五险一金、专项附加扣除）是否准确，或是否存在申报错误。

3. 调整工资表或更正申报

   • 工资表多扣税 ：需将多扣部分转出员工账户，调整发放金额。

   • 申报系统错误 ：通过自然人电子税务局更正申报，或到办税服务厅提交资料。

4. 补缴或退税

   • 若因系统延迟导致差异，可申请补缴或退税，需保留相关证明材料。

三、注意事项

• 避免自行篡改数据 ：所有调整需通过正规渠道办理，确保税务合规。

• 留存备查资料 ：保存工资条、更正申报记录、与扣缴义务人的沟通记录等，以备后续核查。

• 关注政策变化 ：若差异因税收政策调整导致，需及时咨询财务部门更新计算规则。

四、法律依据

根据《个人所得税法》及《企业所得税核定征收办法》，用人单位有义务确保代扣代缴数据准确，若因企业原因导致差异，可能面临补税或处罚。