跨年补发的工资申报个税需根据是否跨年及补发方式分情况处理，具体如下：

一、补发当年工资（不跨年）

1. 申报时间

   在补发工资的次月十五日内，通过累计预扣法申报个税，通常不影响计算结果。

2. 处理方式

   将补发工资与原所属月份工资合并计算，剔除已发放部分后申报。

二、补发跨年工资

1. 申报时间

   需在补发当月合并计算收入并代扣代缴个税，可能适用更高税率。

2. 处理方式

   • 合并申报 ：将补发工资与补发前所属月份工资合并，按累计预扣法计算应纳税所得额。

   • 分摊申报 ：若需还原至原月份计算，需向税务机关提供书面说明，将补发工资分摊至对应月份申报。

三、特殊情况处理

• 公司未履行扣缴义务 ：员工需在次年3月1日至6月30日通过个人所得税APP或税务大厅办理汇算清缴。

• 长期拖欠工资 ：若未实际取得收入，无需申报个税；补发时由公司代扣代缴。

四、注意事项

• 企业需提供书面说明，确保补发工资的合法性。

• 逾期申报需填写《个人所得税明细补、退税申报表》。

以上处理方式均需以税务机关最新规定为准，建议咨询专业税务人员。