跨年补发工资的个人所得税计算需根据工资是否跨年发放分两种情况处理，具体如下：

一、补发当年工资（不跨年）

1. 合并计算

   将补发工资与当月工资合并计算应税收入，统一扣除费用（如三险一金、起征点5000元）后，按累计预扣法申报个税。

2. 申报时间

   在补发工资次月十五日内完成申报。

二、补发跨年工资（跨年）

1. 分月计算

   将补发工资还原至所属月份，与当月工资合并计算。例如，2024年补发2023年工资，需分别计算2023年12月和2024年1月应纳税所得额。

2. 避免高税负

   若一次性补发跨年工资导致税负过高，可向税务机关申请分解计算。例如，山东省税务局允许企业将跨年工资分解至对应月份申报。

三、计算公式

应纳税额 = （补发工资 + 当月工资） - 5000元 - 三险一金 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除

× 适用税率 - 速算扣除数

（适用税率表参考《个人所得税法》）。

四、注意事项

• 申报时效 ：跨年补发工资需在次月申报，逾期可能产生滞纳金。

• 政策差异 ：部分地区允许分解计算，建议咨询当地税务机关确认具体操作。