员工个人所得税不能抵扣公司的税。

在税务处理上，员工个人所得税和企业所得税是两种独立的税种，它们分别针对个人和企业的不同经济行为进行征税。

1. 税种区分：

   • 个人所得税：是对个人取得的各项应纳税收入（如工资薪金、劳务报酬等）征收的税种，由个人承担并支付。
   • 企业所得税：是对企业取得的应纳税所得额（即企业收入减去成本、费用后的利润）征收的税种，由企业承担并支付。

2. 抵扣原则：

   • 在个人所得税中，员工可以享受一定的抵扣政策，如专项扣除（包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房**利息或者住房租金、赡养老人等支出）和依法确定的其他扣除。这些抵扣直接减少员工的个人所得税负担。
   • 在企业所得税中，企业可以享受税收优惠政策，如加计扣除、加速折旧、减计收入等，这些政策允许企业在计算应纳税所得额时扣除更多成本或费用，从而减少企业所得税负担。

3. 独立性：

   • 个人所得税的缴纳主体是个人，企业所得税的缴纳主体是企业，两者不能相互替代或抵扣。
   • 员工个人所得税的抵扣政策是针对个人的税收优惠，不能用于减少企业的税收负担。同样，企业的税收优惠政策也不能用于减少员工的个人所得税负担。

总结：员工个人所得税和企业所得税是两种独立的税种，它们的抵扣政策和优惠措施分别适用于个人和企业，不能相互抵扣。员工应关注个人所得税的抵扣政策，以合法合规的方式减少个人税负；企业应关注企业所得税的优惠政策，以合理合法的方式降低企业税负。