​​个税由公司承担的分录需在应付职工薪酬科目中单独核算，并计入员工工资总额缴纳个税，最终通过营业外支出或管理费用科目处理。​​

1. ​​工资计提阶段​​：公司承担个税时，需将税款并入员工应发工资计算。会计分录为：借记“管理费用/销售费用-工资”，贷记“应付职工薪酬-工资（含个税部分）”。

2. ​​个税代扣处理​​：虽然税款由公司支付，仍需通过应付职工薪酬科目体现。分录为：借记“应付职工薪酬-工资”，贷记“应交税费-应交个人所得税”。

3. ​​税款实际缴纳​​：公司代缴个税后，需将税款支出转入损益类科目。分录为：借记“应交税费-应交个人所得税”，贷记“银行存款”；同时借记“营业外支出”或“管理费用-其他”，贷记“应付职工薪酬-工资”（冲减虚增部分）。

4. ​​税务风险提示​​：公司承担的个税不得税前扣除，需在企业所得税汇算时调整应纳税所得额，避免税务违规。

企业需确保账务处理清晰，避免因科目混淆导致税务稽查风险，同时合理规划薪酬结构以优化税负。