新政府会计制度的分录与科目设置是制度的核心内容，主要特点如下：
一、会计科目体系
新制度在原有会计科目的基础上进行了扩展和重构，新增了预算收入、预算支出、预算结余等科目，形成“双分录”核算模式：
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资产类科目 ：包括库存物品、固定资产、在建工程、无形资产、公共基础设施等；
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负债类科目 ：如应付账款、应付职工薪酬等；
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净资产类科目 ：包含资产基金、待偿债净资产等；
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收入类科目 ：财政拨款收入、事业收入、经营收入等；
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支出类科目 ：行政支出、事业支出、经营支出等；
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预算收入类科目 ：预算拨款收入、其他预算收入等；
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预算支出类科目 ：行政支出、事业支出、经营支出等；
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预算结余类科目 ：预算结余、非财政拨款结余等。
二、核心分录类型
- 财政资金收支分录
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收到财政补助（与收益相关）：借：银行存款，贷：营业外收入
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收到财政补助（与资产相关）：借：银行存款，贷：递延收益（需分期摊销）
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支付财政资金：借：行政支出/事业支出，贷：财政拨款预算收入
- 固定资产核算分录
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购入固定资产（需安装）：借：固定资产，贷：财政拨款收入/应付账款等
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购入固定资产（不需安装）：借：固定资产，贷：零余额账户用款额度等
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计提折旧：借：业务活动费用，贷：固定资产累计折旧
- 人员薪酬核算分录
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计提职工薪酬：借：业务活动费用，贷：应付职工薪酬（基本工资、五险一金等）
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支付职工薪酬：借：应付职工薪酬，贷：财政拨款收入
- 年末结转分录
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营业外收入/支出结转：借：本期盈余，贷：本年盈余分配
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预算结余结转：借：非财政拨款结转，贷：非财政拨款结余
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零余额账户用款额度结转：借：财务应返还额度，贷：资金结存
三、平行记账原则
财务会计与预算会计需对同一笔经济业务分别采用收付实现制和权责发生制记账，确保“双分录”同步。例如：
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财务会计：借：库存物品，贷：财政拨款收入
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预算会计：借：行政支出，贷：财政拨款预算收入
四、特殊事项处理
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固定资产折旧调整 ：需补提折旧时，借：非流动资产基金，贷：累计折旧
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科研经费管理 ：需单独核算，借：研发支出，贷：财政拨款预算收入
通过以上科目设置与分录规则，新制度实现了对政府收支、资产、负债的全面规范，提升了财务报告的透明度和可比性。