工程结算二次审计的合法性需要根据具体情况综合判断，主要分为以下情形：

一、法律层面允许二次审计

我国现行法律法规并未禁止工程结算进行二次审计。根据《审计法》第二十八条，审计机关有权对工程项目的特定事项进行专项审计，且法律未明确禁止多次审计。对于政府投资或国有企业主导的工程，审计部门更可能根据实际需要开展多次审计以确保资金使用合规性和工程质量。

二、审计权限与责任

1. 政府投资工程的审计权限

政府投资工程属于审计机关的法定审计对象，可依法开展全面或专项审计，包括结算审计。

2. 合同条款的约束

若施工合同中明确约定结算审核方式（如单方面审计或双方共同审计），则需严格遵循约定。但法律未禁止合同双方约定不超过两次审计。

三、禁止重复审计的情形

若存在以下情况，则可能构成重复审计：

• 合同明确约定仅一次审计 ：双方同意仅进行首次结算审核，后续不再重复；

• 违反合同约定 ：一方擅自要求重复审计且未经对方同意。

四、争议解决途径

若对审计结果存在争议，可通过以下方式解决：

1. 协商解决 ：双方友好协商达成一致；

2. 诉讼或仲裁 ：因合同条款引发的争议可向人民法院提起诉讼，或根据合同约定申请仲裁。

五、其他注意事项

• 审计费用承担 ：若二次审计由承包方承担且非合同约定，可能涉及合同条款的争议；

• 审计时效 ：部分地区对审计周期有明确限制（如二审后审计局再审计核减超5万元需扣分），但此类规定属于地方性政策，不适用于所有地区。

综上，工程结算二次审计在法律上通常是被允许的，但需结合合同约定和审计权限综合判断。实际操作中，建议通过合同明确审计条款，避免因理解偏差引发纠纷。