工程结算第三方审计的收费标准主要依据项目金额比例、基本收费、审减额比例以及附加服务费用等多个因素来确定。以下是几种常见的收费方式：
- 按项目金额比例计费 ：
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200万元以内：基础收费2000元 + 审减额比例的6%。
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500万元以内：基础收费4000元 + 审减额比例的5%。
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1000万元以内：基础收费8000元 + 审减额比例的5%。
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5000万元以内：基础收费2万元 + 审减额比例的4%。
- 按总造价的百分比计费 ：
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基本收费：0.1% - 0.3%。
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审减金额追加收费：4% - 9%。
- 按单项工程总投资额计取 ：
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基本审计服务费：总投资额的1‰ - 3‰。
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审减（增）额审计费：按审减（增）额减允许额的余额计取。
- 综合计费方式 ：
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基本审计服务费：按单项工程总投资额计取，不管有无审减（增）额都的计取，是保底的。
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审减（增）额审计费：按审减（增）额减允许额的余额计取。
- 按阶段收费或一次性收费 ：
- 委托方应根据项目的实际情况和审计机构的要求来选择按阶段收费或一次性收费。
建议在实际操作中，审计机构与委托方应充分沟通，明确审计的范围和要求，并根据项目的复杂程度、投资金额、审计时间等因素协商确定合理的收费标准，以确保审计工作的顺利进行和费用支付的合理性。
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