如果认为工程结算审计结果不合理，可以采取以下步骤来处理：

1. 审查合同条款 ：仔细检查与发包人签订的施工合同中关于审计和结算的条款，确认合同中是否有关于审计结果异议处理的明确约定。特别注意合同中是否有关于“财评审计”的条款，如果没有，最好不要约定相关内容。

2. 收集并保存证据 ：在施工过程中，保存并收集与工程实际完成情况相关的所有证据，包括但不限于工程量清单、材料采购凭证、施工日志、变更订单、现场照片和视频等。这些证据将用于证明审计结果与实际工程不符。

3. 提出异议 ：根据合同约定和相关法律规定，向审计部门提出书面异议，详细说明审计结果中存在的问题，并提供相应的证据支持。

4. 协商解决 ：在提出异议后，尝试与发包人或审计部门进行协商，寻求对审计结果的修正或重新审计。

5. 申请鉴定 ：如果审计部门未在合理期限内进行审计或出具审计报告，或者审计结论明显不当，可以有权申请司法鉴定，以确定工程的实际造价。

6. 民事诉讼 ：如果审计结果直接影响到工程款的支付，可以通过民事诉讼的方式，要求法院判决按照实际工程量和成本进行结算，尤其是在合同中未明确约定以审计结果作为最终结算依据的情况下。

7. 申诉或投诉 ：可以向本级政府部门申诉，通过建设单位负责人说明情况，或者提请本级政府裁决以及行政复议、行政诉讼。

8. 增设审计期限条款 ：为防止久审不决，可以在合同中增设审计期限条款，如约定“超过6个月未出审计结果，则以送审价结算”。

9. 完善施工过程中的证据固定 ：确保签证、会议纪要、影像资料等，完善变更工程量的可追溯性。

通过以上步骤，可以系统地处理工程结算审计结果不合理的问题，维护自身的合法权益。