工程结算以政府审计为准的合法性需要根据合同约定和法律规定综合判断，具体分析如下：

一、法律规定的结算依据

1. 审计性质与合同效力

根据《中华人民共和国审计法》第二十二条，政府审计是行政监督行为，属于国家对公共资金使用的监管措施， 不影响合同效力 。因此，政府审计结论本身不能直接作为工程结算的依据。

2. 合同约定的优先性

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十九条规定，建设工程施工合同当事人约定以审计结论作为结算依据的， 应认定为无效约定 ，但当事人另有约定的除外。若合同未明确约定，则审计结论不能直接作为结算依据。

二、特殊情形与例外情况

1. 明确约定以审计为准

若合同明确约定“工程结算以政府审计结论为准”，且不存在合同无效的情形（如欺诈、胁迫等），则该条款有效，结算应依据审计结论。但此类约定可能被认定为“程序性条款”，在审计程序受阻时可能被法院否定其效力。

2. 审计程序违法或拖延

若政府审计程序违法（如未依法招标、超期未出结论）或故意拖延，承包人可主张以双方签章确认的结算价或同期同类工程造价结算，法院通常会支持承包人的合理请求。

三、法律后果与风险提示

1. 对承包人的风险

依赖审计结论可能使承包人面临审计结果不公、审计程序拖延等风险，导致工程款无法及时支付或被压价。

2. 对发包人的风险

以审计结论为结算依据可能引发承包人诉讼，增加结算周期和成本，且审计结论与合同约定不一致时可能引发争议。

四、建议与总结

• 合同签订时 ：建议承包人谨慎约定审计条款，避免模糊表述（如“以财政评审结果为准”）。

• 争议解决时 ：优先依据合同约定或双方签章确认的结算价，审计结论仅作为辅助证据。

• 法律救济 ：若审计结论明显不合理，可申请工程造价鉴定或通过诉讼维护权益。

综上，工程结算以政府审计为准的合法性需结合合同约定和法律规定判断，建议通过合同明确双方权利义务，以降低争议风险。