事业单位劳动关系的认定主要依据以下几个方面：

1. 书面劳动合同：根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条，建立劳动关系应当订立书面劳动合同。因此，在事业单位中，劳动合同是认定劳动关系的重要依据。如果已建立劳动关系但未同时订立书面劳动合同，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。

2. 主体资格：用人单位和劳动者需具备符合法律、法规规定的主体资格。用人单位应是依法注册登记的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织，或依法成立的会计师事务所、律师事务所等合伙组织和基金会；劳动者需达到法定就业年龄，具有劳动能力和劳动权利能力。

3. 劳动管理：用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动。这意味着劳动者需要遵守事业单位的规章制度，接受事业单位的管理，并按照事业单位的安排进行有报酬的劳动。

4. 劳动报酬：用人单位向劳动者支付劳动报酬，报酬形式可以是工资、奖金、津贴等多种形式。

5. 业务组成部分：劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。在事业单位中，劳动者所提供的劳动应当与事业单位的业务相关，是事业单位业务运营不可或缺的一部分。

还可参考一些辅助证据来认定劳动关系，如用人单位向劳动者发放的“工作证”“服务证”等能够证明身份的证件；劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”“报名表”等招用记录；考勤记录；工资支付凭证或记录等。

事业单位劳动关系的认定是一个综合考量多个因素的过程，包括书面劳动合同、主体资格、劳动管理等方面。这些因素共同构成了判断劳动关系是否存在的依据。