乡政府公务员的人事管理权限通常归属于县（区）级组织部。根据现行干部管理规定，​​乡镇科级干部（包括副科级）的任免、考核等事项由县级组织部负责​​。具体来说：

1. ​​公务员身份认定​​
   乡政府公务员属于国家行政编制人员，其录用、调动、晋升等均需通过组织部门按程序办理。例如，乡镇公务员的招录需经省级或市级公务员主管部门统一组织考试，录用后人事档案由县组织部保管。

2. ​​管理权限划分​​

   • ​​县级组织部​​：直接管理乡科级公务员（如副镇长、组织委员等），负责其职务任免、考核评价及晋升审批。
   • ​​乡镇党委政府​​：虽为公务员的日常工作单位，但无直接人事任免权，仅对科员级以下人员有推荐和建议权。

3. ​​特殊情况说明​​
   若涉及跨区域调动或高层级职务调整（如提拔为正科级），可能需市级或省级组织部介入。公务员的退休手续一般由原单位或组织部办理。

乡政府公务员的日常管理以县组织部为核心，乡镇党委政府主要负责执行具体工作安排。