食品经营许可证过期被查的处理方式及法律依据如下：

一、基本处理措施

1. 责令停业整顿

   违法经营者需立即停止食品经营活动，接受整改。

2. 没收违法所得及违法物品

   包括违法生产经营的食品、添加剂及工具、设备、原料等。

二、罚款标准

• 货值金额不足1万元 ：罚款2000-50000元。

• 货值金额1万元以上 ：罚款为货值金额的5-10倍。

三、法律依据

1. 《食品安全法》第一百二十二条

   明确将食品经营许可证过期未延续的行为定性为“未取得食品生产经营许可”，适用上述罚款规定。

2. 《食品经营许可管理办法》第五十二条

   规定许可证到期后未延续仍经营的行为，同样适用无证经营处罚。

四、注意事项

• 主观意图影响处罚 ：若因疏忽导致过期（如未及时续期），监管部门可能从轻处理，避免机械适用重罚。

• 整改期限 ：建议在许可证到期前30天申请延续，逾期未申请将面临停业风险。

总结 ：过期经营属无证经营，需承担停业、罚款等后果，但具体处罚视情节轻重和主观意图调整。建议商家提前规划续期流程，避免法律风险。