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根据相关法律规定和搜索结果，医学定向生违约后是否需要赔偿医院缴纳的公积金，需结合具体情况分析：

1. 公积金的属性与责任归属

   公积金属于职工的法定福利，由单位和个人共同缴纳，属于职工个人权益的组成部分。根据《住房公积金管理条例》，单位与职工之间关于公积金的缴纳属于劳动合同的约定内容，但这种约定通常具有强制性，且与劳动者的就业状态直接相关。

2. 违约责任的界定

   医学定向生与医院签订的协议中，若明确约定了违约情形及相应的赔偿责任，通常会涉及违约金、医疗费用等直接损失，但不会涉及第三方权益（如公积金）的赔偿。若协议中未明确约定，医院无权要求违约方赔偿公积金损失。

3. 法律依据与争议解决

   根据《民法典》第五百八十五条，违约责任的承担需基于合同约定或法律规定。由于公积金的缴纳属于法定义务，且协议中一般不涉及此类第三方权益的赔偿条款，因此医院主张赔偿公积金缺乏法律依据。

建议 ：若存在违约情形，建议通过协商、调解或法律途径解决，避免因单方面主张赔偿引发不必要的法律纠纷。