根据《劳动合同法》及《注册建造师管理办法》，用人单位无权扣留建造师证书，劳动者可通过以下途径**：

一、法律依据

1. 禁止扣留证件

   用人单位招用时不得扣押身份证、学历证书、职业资格证书等，否则属于违法行为。

2. 服务期与违约金

   若公司出资培训并约定服务期，劳动者违反协议需支付违约金，但违约金不得超过培训费用及未履行部分分摊费用。

二、处理建议

1. 确认证书归属

   • 若证书为个人自费考取，离职后公司无权扣留。

   • 若证书为公司出资考取，需查看入职时签订的协议条款。

2. 申请仲裁或诉讼

   • 向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求公司退还证书并支付经济补偿（每服务一年支付一个月工资）。

   • 若对仲裁结果不满，可在15日内向人民法院提起诉讼。

3. 变更或注销注册

   • 证书未注册至单位时，可向发证机关申报作废。

   • 若单位拒绝协助变更注册，可向省级建设主管部门举报或申请注销。

三、注意事项

• 保留劳动合同、离职证明、工资流水等证据材料。

• 避免与公司发生冲突，通过法律途径**更有效。