农村合作医疗1000元报销金额需根据就诊级别和费用类型综合计算，具体如下：

一、门诊费用报销

1. 基层医疗机构（村卫生室/乡镇卫生院）

   • 报销比例：60%

   • 适用范围：1000元以内的门诊费用全额报销。

2. 二级及以上医疗机构

   • 报销比例：20%

   • 适用范围：1000元以内的门诊费用全额报销。

二、住院费用报销

1. 一级医疗机构（乡镇卫生院）

   • 报销比例：65%

   • 适用范围：1000元以内的住院费用全额报销。

2. 二级医疗机构

   • 报销比例：50%

   • 适用范围：1000元以内的住院费用全额报销。

3. 三级医疗机构

   • 报销比例：40%

   • 适用范围：1000元以内的住院费用全额报销。

三、大病保险补充

• 起付线后报销 ：若1000元属于大病保险起付线（如5000元），则超出部分按比例报销（如65%-80%）。

四、注意事项

• 起付线限制 ：部分医疗机构（如三级医院）对1000元以下费用可能不设起付线，直接全额报销。

• 年度限额 ：门诊补偿年度总额通常有限制（如5000元/年），超出部分需自付。

建议根据实际就诊级别和费用类型，结合当地政策确认具体报销金额。