农村房屋拆迁款纠纷处理需根据纠纷性质选择合适途径，主要分为协商、行政救济和司法救济三类，具体如下：

一、协商解决（首选途径）

拆迁方与被拆迁人应优先通过友好协商达成一致，避免复杂程序。协商需基于房屋产权证明、拆迁协议等材料，明确补偿标准及安置方式。

二、行政救济途径

1. 行政复议

   若补偿款确定存在违法或不合理，可向作出决定的行政机关申请复议，由上级机关审查并调整补偿方案。

2. 行政裁决

   • 补偿标准争议：由县级以上政府协调，协调不成的由批准征地机关裁决。

   • 协议反悔：拆迁方与被拆迁人达成协议后反悔的，可向人民法院提起民事诉讼。

三、司法救济途径

协商、行政救济均无效时，可向人民法院提起民事诉讼，要求赔偿损失或确认补偿协议效力。起诉时需提交房屋产权证明、拆迁协议等关键证据。

四、特殊处理机制

• 土地补偿款分配争议 ：若涉及村委会分配问题，可向县级以上政府投诉，由其介入调解。

• 诉讼时效 ：协商或行政救济期间，法院不停止拆迁行为。

建议 ：优先通过协商解决，若争议升级再选择行政或司法途径，全程需注意收集并保存相关证据材料。