余款结算协议书是双方在合作项目中明确剩余款项支付条件、时间及争议解决方式的具有法律效力的书面文件，核心作用在于保障资金安全、避免纠纷，并通过条款细化（如结算方式、违约责任）确保权益可执行。

1. 基本结构与关键条款
   协议需包含双方基本信息、项目概述、余款金额及支付节点（如分期或一次性支付）、结算方式（电汇/支票等）、发票开具要求等。争议解决条款（协商/仲裁/诉讼）和违约责任（滞纳金比例）是避免纠纷的重点。

2. 法律效力与风险防范
   协议需符合《民法典》合同编规定，双方签字盖章后生效。明确约定款项支付前提（如验收合格）和凭证留存要求，可降低履约风险。若涉及跨境结算，需注明货币种类及汇率标准。

3. 常见应用场景
   工程承包、商品贸易、服务外包等领域高频使用，尤其适用于长期合作或分阶段付款项目。例如，工程尾款常在竣工验收后按协议比例支付，需与主合同条款保持一致。

签订前建议审查条款完整性，必要时咨询法律人士，确保协议可操作且无歧义。