合同结算方式直接影响企业的税务处理，主要体现在增值税、企业所得税及土地增值税等方面。以下是具体分析：

一、增值税纳税义务时间

1. 结算方式影响

   • 直接收款 ：销售方在收到货款或发出货物时即产生增值税纳税义务。

   • 赊销/分期收款 ：在合同约定的收款日期当天产生纳税义务，可延迟进项税抵扣。

   • 预收款 ：如建筑、租赁服务需在收到预收款当天预缴增值税。

二、企业所得税收入确认

1. 收入确认时间

   • 需与成本费用匹配，跨年业务可调整至收益实现年度确认，避免亏损跨年弥补或固定资产折旧滞后。

2. 收入金额合法性

   • 包税条款（如税费转移）属违法行为，且不可在企业所得税前扣除。

三、土地增值税

1. 可扣除项目

   • 工程结算中“新建房及配套设施成本”直接影响土地增值税计算，需准确核算。

   • 结算金额差异可能导致增值额变化，从而影响税率档次（30%-60%）。

四、风险提示

• 阴阳合同 ：可能因金额或条款篡改引发税务争议，且包税条款无效。

• 计税方法选择 ：如施工合同中明确“甲供材”可适用简易计税，降低税负。

建议 ：签订合同时应明确结算方式、收入确认规则及计税方法，必要时咨询专业税务人员，避免因条款模糊导致税务风险。