农村自建房合同包工协议书是明确房主与施工方权责的法律文件，核心内容包括工程概况、承包方式、付款节点、质量安全要求及违约责任，确保施工过程规范透明，避免纠纷。

1. 工程概况与承包方式
   需明确房屋位置、建筑面积、层数及结构形式，并约定承包方式（包工包料或包工不包料）。若甲方供料，应列明材料清单；乙方包料则需注明材料质量标准。

2. 付款方式与工期
   通常按工程进度分期支付，如签订合同付30%、主体完工付50%、验收后付90%，预留10%作为质保金。工期需标注起止日期，并约定雨雪天气等不可抗力的顺延条款。

3. 质量与安全责任
   乙方须按图纸施工，确保符合国家建筑标准，质量问题需无偿返工。施工安全由乙方全权负责，包括工人伤亡及第三方损害，甲方不承担连带责任。

4. 违约责任与争议解决
   细化违约情形（如延期、偷工减料）及赔偿标准，争议优先协商，协商不成可诉诸法律。

签订合同时务必条款清晰，双方签字盖章，并留存副本。建议咨询专业人士审核，保障权益无遗漏。