农村宅基地确权历史遗留问题的处理需根据不同时期政策、权属争议类型及具体情形综合解决，具体措施如下：

一、处理原则

1. 依法依规 ：严格遵循《土地管理法》《物权法》等法律法规，确保处理过程合法合规。

2. 尊重历史 ：对1982年前建造的宅基地，原则上按实际使用面积确定使用权，避免****合法建筑。

3. 保障权益 ：通过协商、调解、行政处理或司法途径解决争议，最大限度维护农民合法权益。

二、主要处理方式

1. 一户多宅问题

   • 仅允许一户登记一处宅基地，其余住宅作为多宅处理，禁止改建、扩建。

   • 多宅部分因自然损毁或不可抗力丧失功能时，由集体经济组织收回宅基地。

2. 历史建房未批处理

   • 1982年前建造且未扩建的，按实际使用面积登记；

   • 1982年后建造但未处理的，经村集体、乡镇审核后按实际使用面积或房屋占地面积登记。

3. 权属争议解决

   • 先协商，协商不成可向乡镇或县级以上政府申请处理；

   • 通过法律途径（诉讼或仲裁）解决争议，需提供土地承包合同、土地证等权属证明。

4. 登记差错更正

   • 发现登记错误时，可向原登记机构申请更正；

   • 申请补办手续时，部分地区允许免交违建处罚金（如房屋安全鉴定合格）。

三、特殊情形处理

• 异地建房 ：因规划调整或补偿未拆除的，需交还原宅基地并注销使用权证。

• 协议转移 ：已签订房屋或宅基地转让协议且完成部分登记的，可单方申请补办手续。

四、政策依据

• 以《农村宅基地及住房确权登记历史遗留问题处理指导意见》（如东阳市、佛山市等地方政策）为具体操作依据。

总结 ：处理需结合宅基地建造时间、权属关系及政策时效，优先通过协商和行政途径解决，必要时借助法律手段维护权益。